È chiamato ancora così anche se l’Ateneo (di scienze, lettere ed arti), che qui ha trovato ospitalità per un secolo e mezzo, si è da anni trasferito in città bassa.

La costruzione, di gusto neoclassico, è stata realizzata nei primi anni dell’Ottocento su progetto dell’architetto Dalpino e destinata, in un primo tempo, a museo delle antiche lapidi bergamasche. Poi vi trovò sede anche l’Ateneo, nato nel 1810 dalla fusione di due antichissime accademie (degli Eccitati e degli Arvali), quando uno speciale decreto prescrisse che in tutte le città in cui esistevano due o più accademie, queste si dovessero unire in un solo istituto col nome di Ateneo.

Nei sotterranei dell’edificio, scavato nella viva roccia, si trova il "Fontanone", un serbatoio d’acqua gigantesco che risale al 1342, alimentato dalla conduttura dei vasi provenienti da Castagneta. A quel tempo, e per secoli, il Fontanone (capace di ventiduemila ettolitri) doveva servire solo per attingere acqua: non vi erano cioè vasche per lavare né abbeveratoi per animali come esistevano presso le altre fontane cittadine. Tutta quell'acqua, inoltre, era considerata una indispensabile e provvidenziale riserva nell'eventualità di un assedio in caso di guerra. La grande cisterna fu costruita anche con qualche pretesa architettonica, visti i rivestimenti di marmo con gioco di colori chiari e scuri e l’aggiunta di alcune sculture: al riguardo, si pensa all'intervento di uno degli scultori comacini che, all'epoca della costruzione, avevano da poco ultimato, sotto la direzione di Ugo e Giovanni da Campione, la ricca decorazione ornamentale del Battistero.

Molto più tardi, nel 1768, sopra il piano della cisterna fu eretto un portico disegnato dall'architetto Costantino Gallizioli.

Rileva l’arciprete Ronchetti nelle sue Memorie storiche stampate nel 1838 (vol. V, pag. 83) che il grande serbatoio d’acqua costruito al tempo della Signoria Viscontea nell'anno 1342 sulla Piazza della Cattedrale di S. Vincenzo, che poi si denominò Mercato del Lino e in seguito Mercato del Pesce, fu “provvedimento ottimo per la nostra città che a quel tempo non aveva che tre soli pozzi pubblici”.

L’osservazione non é del tutto esatta intendendo forse egli citare solo le maggiori delle fonti pubbliche già erette al tempo del libero Comune, quando quasi tutte le vicinie, che nel 1251 erano diciassette, avevano una propria fonte anche se di limitata entità. Certo è che, questa cisterna grandiosa alimentata dalla conduttura di acqua detta dei Vasi, proveniente da Castagneta, che fu poi per antonomasia definita il Fontanone, usata fino a pochi decenni or sono, superò per misura di capacità di gran lunga le altre camere di serbatoio delle fonti minori, anche perché destinata a riserva nelle eventualità di un assedio in casi di guerra.

Donato Calvi nelle Effemeridi (vol. I, pag. 324) dà la notizia essere il volume d’acqua contenuto di tremila seicento cinquanta carra d’acqua, pari a 43.800 brente bergamasche. In questo luogo, che era importante centro cittadino, il fonte doveva servire solo per attingere acqua: non vi dovevano essere né vasche per lavare, né abbeveratoi per animali come esistevano presso le fontane del Vagine, del Lantro, della Boccola, del Corno alla Fara, per le quali gli statuti della città, riassunti nel volume del 1727 (coll. VIII, cap. 75-78), imponevano ai guardiani misure di pulizia e di ordine: “custodes teneantur mundare et sgurare lavanderia et lavellos in quibus bibunt equi”. Nel centro del lato lungo della cisterna, tutta rivestita di corsi di marmo chiari e scuri sulla parete di fondo, data anche l’importanza dell’opera, vennero con una lapide tuttora bene conservata ricordati la data della costruzione, i nomi dei costruttori e il periodo della Signoria Viscontea.

La nitida epigrafe incisa in latino e in caratteri gotici, dopo l’Anno Domini 1342, dice essere stato il Fontanone costruito al tempo del dominio in Bergamo di Giovanni e Luchino Visconti, essendo podestà un Pozzobonelli e tesoriere un De Zerbi milanesi e per opera di Giovanni da Corteregia e Giacomo da Correggio. Ma inquadrati nella lapide sono di particolare interesse i tre riquadri araldici scolpiti superiormente: a sinistra lo stemma della città con sei strisce disposte “a palo”, in centro la targa con l’aquila allusiva a Giovanni  Arcivescovo di Milano e alla destra, come emblema del fratello minore Luchino, la raffigurazione in parte consunta di un aquilotto che artiglia un animale (lupo o cinghiale). In basso della parete a lato della bocchetta due mascheroni a rilievo, a testa di moro, modellati con gusto secentesco rivelano la presenza di elementi aggiunti in epoca molto più tarda.

La pregevole lapide trecentesca denota chiaramente l’intervento della mano di uno degli scultori comacini che sotto la direzione di Ugo e Giovanni da Campione avevano due anni prima compiuta la ricca decorazione ornamentale dell’insigne Battistero ora affacciato sulla Piazza del Duomo di fronte alla Cattedrale. Sopra il piano della cisterna solo nel 1768 venne eretto un portico disegnato dall'arch. Gallizioli per riunire il materiale di scavo raccolto in città e provincia e in seguito dopo il 1818, anno di costituzione dell’Ateneo, venne infine eretto dall'arch. Dalpino l’attuale costruzione neoclassica quale museo archeologico e sede della nuova istituzione cittadina.