Il complesso è composto da più edifici di varie epoche. La parte più antica è l’ex Chiesa trecentesca con il portale in pietra, le cui mensole agli estremi dell’architrave hanno angeli come sostegno ed è divisa in quattro campate da tre archi acuti.

Nella lunetta è la figura della Maddalena. Il tetto della chiesa è a due falde con orditura in legno; il presbiterio è interamente affrescato con scene della vita della Santa, attribuite a C. Baschenis il giovane, seconda metà del Cinquecento. Da via Borfuro si intravede l’antico campaniletto, con ghiera ad arco e finestre in cotto.

Alla Chiesa era unito un ospedale. Dell’aggiunta settecentesca rimane, oltre la fronte su via Sant'Alessandro, il cortile dell’architetto Galizzioli con porticato sui quattro lati e loggiato a serliana con balaustra in pietra. Interventi successivi sull'area dell’ospedale sono stati fatti tra la fine dell’Ottocento e l’inizio del Novecento e precisamente tra il 1909 e il 1915 vennero costruiti gli edifici contraddistinti con i mappali 2314-317. Detti edifici sono costruiti con re piani fuori terra e le ricche facciate presentano elementi architettonici come: finestre con bifore con capitelli a quattro facce ornate, timpani di attoni a vista con stemmi a rilievo; decorazioni ad affresco nella parte alta dell’edificio; bugnato levigato in ceppo gentile che ricopre l’intera facciata.

Cornici orizzontali dividono in tre parti il fronte principale ed un fregio continuo di chiodi fiorati a rilievo corre lungo l’intera facciata. Il colore osso del mattone a vista, il bianco delle colonne, dei capitelli, delle spalle delle finestre, il bicolore degli affreschi geometrici della facciata ed il grigio elle pietre di ceppo gentile rendono vivace e policromo l’intero edificio monumentale, di aspetto vagamente rinascimentale.

Nel gruppo di edifici racchiusi dalle due strade parallele cittadine di via Garibaldi e via Borfuro e che negli anni 1912-13 subirono radicali trasformazioni, quando l’Amministrazione comunale vi collocò un reparto edilizio destinato alle scuole elementari ed un altro per la costituzione di una scuola professionale di avviamento al lavoro, si volle opportunamente conservare un interessante cortile di inconsueta architettura cittadina e che faceva parte di un complesso di fabbricati costituenti una sede di ospedale.

Attraverso i secoli aveva però questo complesso subito mutamenti notevoli, anche perché la primitiva origine della costruzione risale ad epoca lontana e precisamente alla metà del secolo XIV. La notizia proviene dagli scritti del Peregrino nella “Sacra Vinea” riportata da Don G. A. Roncalli quando pubblicò nel 1912 l’importante studio sulla “Misericordia Maggiore in Bergamo”: “La Scuola dei Disciplini Bianchi - dice questo testo - fabbricò a sue spese nel 1352 la chiesa e l’ospedale di S. Maria Maddalena nel borgo di S. Alessandro per dare ivi un ricovero ai poveri infelici, mentecatti o invalidi”. Tale istituzione durò pertanto per quasi cinque secoli, variando destinazione e subendo sostanziali modificazioni murarie, ma conservando integre nel loro originario aspetto tanto la chiesa, contigua a questo cortile, quanto la porta archiacuta d’ingresso che prospetta tuttora su un cortiletto a cui si accede da via S. Alessandro.

La data del 1352 corrisponde, come è noto, ad un periodo di grande attività edilizia cittadina. Il trentennio infatti, che corre dal 1335 al 1365, corrispondente al periodo della signoria viscontea di Bernabò, Luchino e Giovanni, fu in Bergamo Alta di fervido sviluppo di architetture religiose e civili. Si conoscono le date: 1340 erezione del Battistero, 1342 allestimento del Fontanone sulla piazza dell’antica chiesa di S. Vincenzo, 1353 e 1360 elevazione dei due monumentali portali di Santa Maria Maggiore, e 1363 porta secondaria ancora della Basilica. L’interno di questa chiesa, detta della Maddalena, ora adibito a palestra di ginnastica della scuola, presenta con le arcate a sesto acuto, il tetto in vista e le tre cappelle frontali, il carattere tipico degli edifici sacri trecenteschi. 

Nella cappella di centro fu scoperto, quindici anni or sono, un gruppo di piccoli affreschi della fine del Trecento che strappati furono portati nel salone di Palazzo della Ragione. Sopra l’arco del coro si conservano tuttora altri affreschi, probabilmente di Cristoforo Baschenis il giovane, eseguiti nella seconda metà del Cinquecento con scene della vita di S. Maria Maddalena e raffiguranti la Santa in una grotta contornata da angeli, la resurrezione del fratello Lazzaro a Betania e la visita della sorella Marta agli infermi.

Il più radicale rinnovamento della parte civile della vicina fabbrica avvenne nel 1775 quando si eresse il nuovo chiostro a pianta quadrata con archi su  pilastri quadri bugnati e piattabande angolari e con una loggia superiore ad arcate minori appoggiate su colonne e formanti un motivo detto di architettura “serliano” in quanto usato in primo esempio da Sebastiano Serlio, architetto del Cinquecento. 

Tutto il complesso, con le cornici, le balaustre, i capitelli, ha carattere cinquecentesco e appare alquanto strano, in quanto si conosce che l’opera è dell’architetto bergamasco Costantino Gallizioli e non presenta per nulla gli aspetti dell’architettura corrispondente a quella data che manteneva ancora presenti le forme del barocco settecentesco, anche se tendeva alle nuove espressioni che generarono il neo-classico. Il Gallizioli, per sua personale tendenza, volle essere vicino alla fedele ripresa dell’architettura classica dei maggiori maestri del pieno Cinquecento, il Palladio, il Sangallo, il Sansovino, tanto che se non si conoscessero date sicure, si sarebbe portati ad assegnarlo a quel tempo.