Le cannoniere sono ambienti collocati nei fianchi dei baluardi deputate alla “difesa fiancheggiata” della fortificazione. La cannoniera inferiore di S. Michele era predisposta a difesa soprattutto di porta S. Agostino e del baluardo omonimo. Una strada coperta conduce all'ampia sala di manovra (casamatta). Sulla volta più alta si dischiudono due camini di ventilazione. Nella parete di fondo si notano due bocche per l’alloggiamento dell’artiglieria e la sortita al piano, private di uno sbocco verso l’esterno nel 1881, quando fu costruito il serbatoio dell’acquedotto municipale. In alcuni punti le pareti s’innestano su affioramenti di arenarie gialle calcarenili, ossia le rocce dei colli su cui venne costruita la città di Bergamo. Contribuiscono ad accrescere il fascino del luogo numerose stalattiti filiformi, lunghe sino a tre metri, che pendono dalle volte, nonché piccole stalagmiti disseminate sul pavimento. Esse si sono formate a seguito del continuo e prolungato deposito di particelle di calce, utilizzata come legante nei muri della cannoniera, trasportate dall'acqua percolante tra le pietre.

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