L'Amministrazione comunale e, nello specifico, il Consiglio Comunale, ha competenza in materia di pianificazione urbanistica attraverso l'adozione e la successiva approvazione dello strumento urbanistico, introdotto con Legge Regionale 11-3-2005, n. 12 e denominato Piano di Governo del Territorio (PGT). Lo strumento urbanistico generale definisce le regole per lo sviluppo del territorio individuando i parametri urbanistici, le destinazioni funzionali e le specifiche modalità attuative per ogni ambito cittadino differenziando gli interventi di grande trasformazione urbanistica dagli interventi di natura edilizia. Le trasformazioni urbanistiche sono attivate tramite strumenti di natura complessa quali Piani attuativi, Accordi di Programma e Programmi Integrati di Intervento, mentre gli interventi di natura edilizia sono attuati, nel rispetto della disciplina urbanistica, attraverso titolo abilitativo diretto. Per la gestione di ambiti del territoriali di particolare rilevanza storico-testimoniale o ambientale come Città Alta ed il Parco Regionale dei Colli di Bergamo, la normativa nazionale e regionale prevede l’elaborazione di strumenti di pianificazione di dettaglio finalizzati ad affrontare in modo specifico le peculiarità di tali ambiti.
La strumentazione urbanistica comunale, secondo il principio di sussidiarietà verticale, garantisce la coerenza con gli obiettivi e gli indirizzi definiti negli strumenti di pianificazione territoriale quali il Piano Territoriale Regionale (PTR) ed il Piano Territoriale di Coordinamento Provinciale (PTCP).